勝利屬于馬云，但天平卻傾向于另一邊。
支付寶順利獲取了央行發放的首批第三方支付牌照，以馬云為首的阿里巴巴集團在與雅虎、軟銀的競爭中也占據了優勢。但因股權變更所引發的三方糾紛卻遠未結束，甚至愈演愈烈。
阿里巴巴將全資子公司支付寶的所有權轉讓給一家由CEO馬云控股的新公司浙江阿里巴巴電子商務有限公司。但這一做法被指違規操作，更有分析人士認為，馬云在未經董事會同意情況下擅自將支付寶股權由阿里巴巴集團轉出，違背了契約原則，在一定程度上已危害到阿里巴巴集團主要股東雅虎和軟銀的合法權益。
而馬云稱雅虎、軟銀未能履行其作為董事的職責。“在談判之前，他們利用了公司的結構缺陷并采用了拖延戰術。作為大股東，他們對，作為董事，他們都錯了。”
雖然各有理由，但拋開爭論不談，在實際行動上馬云卻已領先一步。
早在2008年，馬云和代表雅虎的阿里巴巴董事楊致遠就開始磋商支付寶的相關事宜。
2009年7月，在阿里巴巴的董事會上，雙方曾經“就支付寶的問題討論并確定，將其70%的股權轉至一家內資公司名下，即目前支付寶的控股方“浙江阿里巴巴電子商務有限公司”。
從2009年到2011年間，支付寶通過兩次股權轉移及一項協議控制的取消徹底變身成為一家內資公司。
2009年6月1日，雙方進行了第一次轉讓，支付寶原股東、阿里巴巴集團全資子公司Alipay Ecommerce Corp向浙江阿里巴巴轉讓了支付寶70%的股權，作價2240萬美元(折合1.67億元人民幣)。支付寶由外商獨資變為中外合資企業。浙江阿里巴巴由馬云控股。
2010年8月6日，雙方進行了第二次轉讓，Alipay將剩余30%的股權轉讓給浙江阿里巴巴，作價1.6498億元。交易完成后，浙江阿里巴巴共支付3.3億元將支付寶收為全資子公司。加上此前的約1.7億元，達到5億元注冊資本，取得了央行規定的合格注冊資產規模。
據知情者稱，在之前的董事會上，楊致遠和代表軟銀的孫正義對剝離支付寶的事是默認態度，但沒有形成協議，也沒有簽字這也成了現在對馬云最為不利和被動的一點。
實際上，雅虎和軟銀并沒有與央行溝通的渠道，他們只能通過管理層來探知中國監管當局的底線，但這也并不意味著他們愿意為了牌照犧牲在支付寶的權益。他們選擇了沉默和觀望，希望等待事情自動出現轉機。
但馬云和管理層卻先行一步，先后兩次將支付寶股權轉移至浙江阿里巴巴，這也成為支付寶取得央行第三方支付牌照的關鍵點。馬云也不僅僅滿足于對支付寶的控制，其爭取對阿里巴巴的絕對控制也從未停止過。
從2008年后，馬云就已經開始跟雅虎談判，最初是想回購阿里巴巴集團的股份43%在楊致遠手里，30%在軟銀孫正義手里。而有美國媒體爆料，馬云那時對雅虎提出的回購條件是35億美元回購15%的阿里巴巴股份。如果按照這個金額計算，當時雅虎手中阿里巴巴的價值在100億美元以上，包括阿里巴巴香港上市公司、淘寶網和支付寶，但當時卻遭到雅虎的拒絕。
雅虎2005年將中國搜索業務交付給阿里巴巴集團，并向該集團注資10億美元，獲得阿里巴巴集團39%的股份。而對于雅虎拒絕馬云的回購，其理由也很簡單。一方面，雅虎不甘于在豐厚利潤前割肉退出。此外，未上市的淘寶網和支付寶兩大業務更成為阿里巴巴集團的核心資產，兩家公司未來上市后的估值可達數百億美元，雅虎自然并不甘心過早放棄手中的控股權。
相反，阿里巴巴一直對大股東雅虎有所不滿，一是自己未從雅虎身上獲得任何搜索技術的幫助，雅虎甚至還“撈過界”染指香港及內地廣告市場；二是阿里巴巴多次要求回購股票及提出“驅逐”雅虎的提案，都被雅虎拒絕。
而此次雅虎同意將支付寶資產轉移至馬云控制的公司，或是雅虎基于自身利益考慮不得不做出的讓步，因為若不如此支付寶將無法獲得牌照，這不符合雅虎利益。
更有消息人士透露，阿里巴巴旗下早已盈利的淘寶網和支付寶兩大業務遲遲不上市，就在于雅虎控股權問題一直懸而未決。
與雅虎的無奈相比，軟銀的境況也并不樂觀。
軟銀總裁孫正義是馬云最堅定的支持者之一。2000年阿里巴巴最困難的時候投資2000萬美元入股，2004年又追加了6000萬美元投資。
但對于支付寶申請第三方支付牌照方面，孫正義卻有不同的意見。
在支付寶申請牌照期間，孫正義面對“外資企業”這一資質瓶頸時，曾提出“協議控制”的方案即成立純中資持股的公司持牌，通過商業協議安排，將持牌公司收入轉入外資公司。但馬云以風險過高為由拒絕了孫正義方案。此后，軟銀就不再參與有關支付寶補償問題的談判。
目前，這一問題仍未解決。如果孫正義堅持不表態，補償方案是否能夠實施？
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