新藥研發(fā)是一座風光無限的險峰，今天，征服這座險峰的關鍵節(jié)點出現(xiàn)了。10月29日，深勢科技在上海重磅發(fā)布新一代藥物計算設計平臺Hermite®，Hermite®致力于為藥物研發(fā)工作者提供在CADD中數(shù)據(jù)、算法、算力三位一體的一站式解決方案。作為AI for Science的引領者和踐行者，深勢科技高舉AI for Science的旗幟，開創(chuàng)性的提出“多尺度建模+機器學習+高性能計算”的科學研究新范式，打造了新一代人工智能分子模擬平臺。
發(fā)布會上，深勢披露了關于Hermite®平臺的諸多細節(jié)優(yōu)勢。基于AI、物理建模、高性能計算的Hermite®，在小分子藥物設計領域的核心功能包括：
UniFold-蛋白質(zhì)結構預測與優(yōu)化；
Uni Docking-苗頭化合物的超高通量虛擬篩選；
Uni IFD-藥靶結合模式的精確預測；
Uni FEP-基于自由能微擾的先導化合物優(yōu)化。
首先，基于深度學習方法，Uni-Fold可以快速準確、動態(tài)的預測蛋白三維結構。還能快速預測超大對稱蛋白高聚體，通過開源代碼、參數(shù)和數(shù)據(jù)集，Uni-Fold較以往平臺訓練時間至少可以減少50%，復合蛋白預測精度至少提升15%。
其次，Uni-Docking是GPU極致加速的分子對接引擎。在保持篩選精度的前提下，將千萬級分子數(shù)據(jù)庫的虛擬篩選推入可及、可用、可靠的時代。與MM GB/PBSA組成虛擬篩選工作流后，準確性進一步得到提升。
再次，通過模擬藥物分子與靶點結合產(chǎn)生的“誘導契合”效應，Uni-IFD可以精確預測藥物與靶點的結合模式。同時，Uni-Aquasite可以通過計算得到每個水分子的自由能，尋找對藥靶結合影響較大的水分子。
此外，Uni-FEP基于自由能微擾理論、分子動力學、增強采樣算法，以化學精度高效評估蛋白質(zhì)與配體的結合親和能。同時，Uni-FEP擁有友好的交互界面和流程，多維度多次計算的整合分析讓其成為藥化科學家身邊的Assay計算工具。
值得注意的是，Hermite®為藥物研發(fā)科學家打造了基于瀏覽器的全新體驗，包括可視化、結構化分子，最大化操作區(qū)域，靈活調(diào)整窗口，跨窗口智能化協(xié)作，這就是Hermite®，作為藥物研發(fā)科學家的手、眼、腦，加速藥物發(fā)現(xiàn)，降低研發(fā)成本，發(fā)現(xiàn)顛覆性創(chuàng)新分子實體。
這一切變革的背后，是Hermite®在底層科學算法的創(chuàng)新，為每一個藥物發(fā)現(xiàn)提供設計靈感和計算動力。
圖為：中科院院士，北京科學智能研究院院長，深勢科技首席科學顧問鄂維南致辭
發(fā)布會上，中科院院士，北京科學智能研究院院長，深勢科技首席科學顧問鄂維南致辭表示：Hermite®是“AI forScience從算法創(chuàng)新到應用落地的里程碑實踐和代表產(chǎn)品”。鄂維南指出，AI for Science研究范式的出現(xiàn)是科技創(chuàng)新的一個重要歷史機遇。他不僅拓展了數(shù)據(jù)驅(qū)動、物理模型驅(qū)動模式的能力邊界，還有望推動二者的有機結合，為進一步解決實際問題提供理論基礎。同時AI for Science也極大的拉近了科學研究與實際應用的距離。鄂維南強調(diào)，實現(xiàn)創(chuàng)新-落地閉環(huán)，既不能靠一廂情愿、也不是一蹴而就、更不會一勞永逸。實現(xiàn)創(chuàng)新-落地閉環(huán)要面向產(chǎn)業(yè)界的真需求，解決需求背后科學、工程上的真問題，要各方面的人不斷交流和碰撞。
面對AI for Science從算法創(chuàng)新到應用落地的進一步實現(xiàn)，深勢科技創(chuàng)始人兼CEO孫偉杰在歡迎辭中表示：選擇Hermite®，是選擇與新時代接軌。孫偉杰針對當前科學實驗中遇到的問題，特別提出了科學實驗算法的分級理論，即如何對算法設定合理的期望，怎樣的算法是可以大規(guī)模替代實驗的工業(yè)級算法。
圖為：深勢科技創(chuàng)始人兼CEO孫偉杰進行分享
他將算法分為L1至L3三個級別：L1為模仿現(xiàn)實，即對實驗結果的復制和外推；L2為預測現(xiàn)實，對現(xiàn)象的預測接近實驗精度，并有可預期的誤差范圍；L3為搜索現(xiàn)實，這就要求能夠準確預測現(xiàn)象，并能從空間中直接搜索最佳結果。當前，對于化學、生物、材料、藥物等實驗學科，并不一定追求百分之百準確的算法，只要能夠大幅縮小實驗誤差，明確精度邊界，就可以大規(guī)模的替代此前的實驗模式，所以大規(guī)模推廣L2級別，積極發(fā)展L3級別的算法，將引領未來實驗科學算法的前進方向。
從現(xiàn)在到2025年的核心目標，是在藥物研發(fā)的各個環(huán)節(jié)打造一系列能夠規(guī)模化替代實驗的工業(yè)級算法，把以經(jīng)驗驅(qū)動的實驗試錯模式轉變?yōu)?ldquo;計算設計-實驗驗證”的理性迭代模式。而Hermite®充分利用云計算時代軟件功能特點和優(yōu)勢，在基礎設施快速建設和發(fā)展的時代，能夠幫助用戶持續(xù)觸達最前沿的藥物設計算法，并以星期為單位不斷升級產(chǎn)品使用體驗，選擇Hermite®，就是選擇了持續(xù)進化。
圖為：深勢科技創(chuàng)始人兼首席科學家張林峰做算法成果分享
深勢科技產(chǎn)品的不斷進階和卓越，正是依靠了背后強大的算法工程體系支撐。深勢科技創(chuàng)始人兼首席科學家張林峰在解析底層算法成果的分享中指出：前沿算法的開發(fā)并不只是做demo、發(fā)paper那么簡單，還需要大量的算法工程比如數(shù)據(jù)工程、硬件適配、性能優(yōu)化，跟云計算的結合也需要有大規(guī)模、高復雜度系統(tǒng)建設的能力體系；更重要的是，軟件不是開發(fā)出來的而是被用出來的，發(fā)布上線只是個開始，以需求和反饋為導向持續(xù)優(yōu)化才是工業(yè)軟件的真正壁壘。工業(yè)軟件是“物理內(nèi)核+工程體系+研發(fā)經(jīng)驗”緊密結合的行業(yè)智慧結晶，一路走來，深勢科技已經(jīng)集結了從理論發(fā)展、算法攻堅、大規(guī)模工程建設到行業(yè)研發(fā)的一體化頂尖團隊，未來更有信心為行業(yè)提供高效穩(wěn)定、能打勝仗的解決方案。
當AI與生命科學發(fā)生鏈接，豐富的AI工具將人工智能和物理建模相融合，開啟AI for Science的新篇章。用計算突破藥物設計，解決復雜場景下的科學難題。Hermite®不僅是深勢科技近年來在AI for Science領域深耕和集大成的優(yōu)秀作品，也是深勢科技伙伴們共同的杰作。例如，火山引擎為深勢科技提供了基于GPU加速的科學計算解決方案，除了提供極具性價比的高性能算力和一站式AI開發(fā)平臺，還可以根據(jù)業(yè)務流量自動彈性擴縮容，實現(xiàn)節(jié)點自愈等策略的智能運維。惠普則通過其Z系列數(shù)據(jù)科學工作站 Zbook Firefly14 G8，為深勢提供更加穩(wěn)定的服務。深勢始終相信：成就伙伴，引領創(chuàng)新。沒有產(chǎn)業(yè)鏈上每一個環(huán)節(jié)的緊扣，沒有行業(yè)合作者間的攜手，就無法了解需求、完善產(chǎn)品、不斷創(chuàng)新。
一場名為AI for Science的新科技革命正在悄然征服包括新藥研發(fā)在內(nèi)的多座險峰。促進AI與生命科學、藥物研發(fā)等等領域的深度融合，AI for Science帶來的豐富研究工具和方法，正引領著科學研究領域新范式的大踏步進階。
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本文標題：深勢科技發(fā)布新一代藥物計算設計平臺Hermite
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